COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 6.462274 3.808799 3.821657
2020-10-07 17:00:00 4.575367 3.206986 3.775927
2020-10-06 17:00:00 4.282309 4.282309 3.733144
2020-10-05 17:00:00 6.174934 3.610449 3.654141
2020-10-04 17:00:00 4.342553 4.342553 3.606360
2020-10-03 17:00:00 4.084329 4.084329 3.543844
2020-10-02 17:00:00 3.483947 3.483947 3.476675

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 5.970149 5.970149 4.138291
2020-10-07 17:00:00 3.940568 5.355575 3.955977
2020-10-06 17:00:00 4.824121 4.824121 3.812192
2020-10-05 17:00:00 4.087193 2.680965 3.552657
2020-10-04 17:00:00 2.988691 2.988691 3.433034
2020-10-03 17:00:00 3.753351 3.753351 3.265738
2020-10-02 17:00:00 3.648548 3.648548 3.214257

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 3.666667 3.666667 1.994875
2020-10-07 17:00:00 1.973684 1.973684 2.113449
2020-10-06 17:00:00 0.390625 0.390625 2.054769
2020-10-05 17:00:00 10.000000 1.585504 2.022800
2020-10-04 17:00:00 3.517588 3.517588 2.049685
2020-10-03 17:00:00 3.428971 1.927711 2.101798
2020-10-02 17:00:00 1.714898 1.714898 2.095179

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 1.102362 1.102362 1.075462
2020-10-07 17:00:00 0.799600 0.799600 1.068546
2020-10-06 17:00:00 1.222104 1.222104 1.039945
2020-10-05 17:00:00 1.691176 1.222104 0.997054
2020-10-04 17:00:00 1.057906 1.057906 1.010192
2020-10-03 17:00:00 1.261830 1.261830 0.993464
2020-10-02 17:00:00 1.033295 1.033295 0.962356

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 9.593207 5.151438 7.159194
2020-10-07 17:00:00 8.858492 6.529881 7.090702
2020-10-06 17:00:00 10.727865 10.727865 7.023168
2020-10-05 17:00:00 12.453048 12.453048 6.932225
2020-10-04 17:00:00 7.147814 7.147814 6.824928
2020-10-03 17:00:00 7.108669 7.108669 6.681940
2020-10-02 17:00:00 6.371912 6.371912 6.428438

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 3.242291 3.242291 3.580476
2020-10-07 17:00:00 2.649643 2.649643 3.526369
2020-10-06 17:00:00 3.712497 3.712497 3.448502
2020-10-05 17:00:00 8.110733 8.110733 3.415923
2020-10-04 17:00:00 4.008959 4.008959 3.349481
2020-10-03 17:00:00 4.603087 4.603087 3.244296
2020-10-02 17:00:00 2.567738 2.567738 3.168273

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 4.886717 2.398934 3.435473
2020-10-07 17:00:00 3.495146 3.495146 3.405118
2020-10-06 17:00:00 4.442509 4.442509 3.394780
2020-10-05 17:00:00 3.874539 3.874539 3.261082
2020-10-04 17:00:00 4.065041 4.065041 3.198611
2020-10-03 17:00:00 3.747245 3.747245 3.173032
2020-10-02 17:00:00 3.567568 3.567568 3.114611

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 3.710978 2.734133 2.853371
2020-10-07 17:00:00 4.111482 3.040424 2.837377
2020-10-06 17:00:00 3.151140 3.151140 2.840929
2020-10-05 17:00:00 2.725574 2.725574 2.850641
2020-10-04 17:00:00 2.699414 2.699414 2.844583
2020-10-03 17:00:00 2.596757 2.596757 2.851335
2020-10-02 17:00:00 2.754591 2.754591 2.836615

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 7.480315 7.480315 8.781374
2020-10-07 17:00:00 9.882089 9.882089 8.601126
2020-10-06 17:00:00 9.964830 9.964830 8.441997
2020-10-05 17:00:00 13.161132 13.161132 8.413648
2020-10-04 17:00:00 9.664537 9.664537 8.404909
2020-10-03 17:00:00 7.366985 7.366985 8.248566
2020-10-02 17:00:00 7.349081 7.349081 8.066075

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 5.494329 2.710965 2.890978
2020-10-07 17:00:00 3.478726 3.478726 2.804390
2020-10-06 17:00:00 3.289474 3.289474 2.738711
2020-10-05 17:00:00 5.150831 2.139812 2.617518
2020-10-04 17:00:00 3.282459 3.282459 2.536255
2020-10-03 17:00:00 3.249008 3.249008 2.453880
2020-10-02 17:00:00 2.502037 2.502037 2.375822

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 5.699482 5.699482 4.129726
2020-10-07 17:00:00 5.511811 5.511811 3.997948
2020-10-06 17:00:00 3.867403 3.867403 3.872240
2020-10-05 17:00:00 4.899777 2.103250 3.747345
2020-10-04 17:00:00 5.258467 5.258467 3.614577
2020-10-03 17:00:00 4.466313 2.119606 3.492546
2020-10-02 17:00:00 3.550296 3.550296 3.410992

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 1.263158 1.263158 0.684895
2020-10-07 17:00:00 0.238095 0.238095 0.701198
2020-10-06 17:00:00 1.102941 1.102941 0.668809
2020-10-05 17:00:00 1.005025 0.429185 0.673189
2020-10-04 17:00:00 3.036437 0.809717 0.726903
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 0.760723
2020-10-02 17:00:00 0.858369 0.858369 0.794631

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 6.250000 2.400362 3.367033
2020-10-07 17:00:00 6.857855 2.992519 3.343454
2020-10-06 17:00:00 3.201507 3.201507 3.294224
2020-10-05 17:00:00 5.295950 5.295950 3.373886
2020-10-04 17:00:00 6.530612 6.530612 3.372655
2020-10-03 17:00:00 3.418803 3.418803 3.408346
2020-10-02 17:00:00 2.755906 2.755906 3.322907

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 8.513709 8.513709 8.093014
2020-10-07 17:00:00 8.163265 8.163265 7.587943
2020-10-06 17:00:00 8.179959 8.179959 7.270322
2020-10-05 17:00:00 11.238532 11.238532 7.203998
2020-10-04 17:00:00 5.923345 5.923345 7.003180
2020-10-03 17:00:00 9.538462 9.538462 6.898675
2020-10-02 17:00:00 5.349794 5.349794 6.526883

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 10.599369 10.599369 7.158786
2020-10-07 17:00:00 9.042218 9.042218 6.871821
2020-10-06 17:00:00 4.706524 8.165195 6.590370
2020-10-05 17:00:00 14.827586 4.069401 6.391384
2020-10-04 17:00:00 4.364279 4.364279 6.145482
2020-10-03 17:00:00 7.730673 7.730673 5.846114
2020-10-02 17:00:00 7.889049 7.889049 5.597956

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 8.044113 3.649043 3.885697
2020-10-07 17:00:00 6.138428 3.476355 3.871793
2020-10-06 17:00:00 3.232693 3.232693 3.816365
2020-10-05 17:00:00 4.822777 2.986686 3.795053
2020-10-04 17:00:00 9.079976 9.079976 3.743485
2020-10-03 17:00:00 4.198185 4.198185 3.678954
2020-10-02 17:00:00 2.924452 2.924452 3.634178

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 7.519242 7.519242 5.477869
2020-10-07 17:00:00 6.004756 6.004756 5.180946
2020-10-06 17:00:00 3.284672 3.284672 5.101935
2020-10-05 17:00:00 6.581900 6.581900 4.948405
2020-10-04 17:00:00 7.293035 7.293035 4.754999
2020-10-03 17:00:00 3.627853 3.627853 4.615378
2020-10-02 17:00:00 3.724395 3.724395 4.461088

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 5.389097 5.389097 4.582671
2020-10-07 17:00:00 5.317024 5.317024 4.528700
2020-10-06 17:00:00 4.383440 5.098494 4.449787
2020-10-05 17:00:00 7.609988 3.315203 4.318195
2020-10-04 17:00:00 3.606279 3.606279 4.230429
2020-10-03 17:00:00 4.659498 4.659498 4.090555
2020-10-02 17:00:00 3.678403 3.678403 3.984916

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 5.556466 3.327323 3.565609
2020-10-07 17:00:00 4.575263 3.004423 3.505695
2020-10-06 17:00:00 4.237632 4.237632 3.378108
2020-10-05 17:00:00 5.056026 5.056026 3.326429
2020-10-04 17:00:00 3.278689 3.278689 3.219054
2020-10-03 17:00:00 3.409484 3.409484 3.127990
2020-10-02 17:00:00 3.817186 3.817186 3.048505

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 -2.341790 7.352298 5.122343
2020-10-07 17:00:00 1.035362 5.829596 5.022601
2020-10-06 17:00:00 3.974359 5.426696 4.764988
2020-10-05 17:00:00 8.296943 1.704036 4.503392
2020-10-04 17:00:00 6.153846 6.153846 4.223376
2020-10-03 17:00:00 3.562341 3.562341 4.027997
2020-10-02 17:00:00 5.950096 5.950096 3.799378

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 11.612903 11.612903 8.070761
2020-10-07 17:00:00 9.554140 9.554140 7.556803
2020-10-06 17:00:00 5.747126 5.747126 7.329816
2020-10-05 17:00:00 13.131313 13.131313 6.924126
2020-10-04 17:00:00 6.250000 6.250000 6.306670
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 6.127644
2020-10-02 17:00:00 9.734513 9.734513 5.758879

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-08 17:00:00 7.507645 7.507645 5.018818
2020-10-07 17:00:00 5.360206 5.360206 4.792736
2020-10-06 17:00:00 4.959328 4.959328 4.588251
2020-10-05 17:00:00 9.319287 9.319287 4.513043
2020-10-04 17:00:00 4.819055 4.819055 4.385866
2020-10-03 17:00:00 3.380282 3.380282 4.261297
2020-10-02 17:00:00 2.167991 2.167991 4.162959

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.970149 5.970149 4.138291
Basilicata 3.666667 3.666667 1.994875
Calabria 1.102362 1.102362 1.075462
Campania 9.593207 5.151438 7.159194
Emilia-Romagna 3.242291 3.242291 3.580476
Friuli Venezia Giulia 4.886717 2.398934 3.435473
Lazio 3.710978 2.734133 2.853371
Liguria 7.480315 7.480315 8.781374
Lombardia 5.494329 2.710965 2.890978
Marche 5.699482 5.699482 4.129726
Molise 1.263158 1.263158 0.684895
P.A. Bolzano 6.250000 2.400362 3.367033
P.A. Trento 8.513709 8.513709 8.093014
Piemonte 10.599369 10.599369 7.158786
Puglia 8.044113 3.649043 3.885697
Sardegna 7.519242 7.519242 5.477869
Sicilia 5.389097 5.389097 4.582671
Toscana 5.556466 3.327323 3.565609
Umbria -2.341790 7.352298 5.122343
Valle d'Aosta 11.612903 11.612903 8.070761
Veneto 7.507645 7.507645 5.018818
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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